因為默認的python設置是3.13版本,會經常出現版本不配套問題需要用比較舊的python版本
window 11
在anconda prompt中:
創建一個純淨的 Python 3.9 環境
conda create -n bio_final python=3.9 -y
激活它
conda activate bio_final
用 Conda 裝
conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg seaborn scikit-learn pandas notebook ipykernel -y
需要用到的庫可以在裏也裝進去
pip install magic-impute scprep
讓這個版本的選項出現在jupyter notebook 裏面
python -m ipykernel install --user --name=bio_final --display-name "Python 3.9 (Final)"
實際上在第三個命令之後出現了報錯,於是改為在jupyter notebook裏面用pip安裝
1. 先卸載可能損壞的 conda 包
!pip uninstall -y scanpy anndata
2. 補充一個關鍵的版本管理工具 (很多時候報錯是因為缺這個)
!pip install setuptools-scm get_version
3. 重新安裝穩定版的 scanpy 和 anndata (跳過緩存,確保下載新的)
!pip install scanpy1.9.6 anndata0.10.3 --no-cache-dir
之後還有幾個版本不對依舊報錯,但是到這裏已經能看到勝利的曙光了
報了一個zarr的版本錯誤
!pip install "zarr<3"
以及numpy 和pandas
!pip install "numpy<2.0" "pandas<2.2" --force-reinstall
然而不出意外的話還是出了意外,雙雙雙報錯了
Gemini老師給了這個
%pip install "numpy<2.0" "pandas<2.2" scipy scikit-learn --only-binary :all: --force-reinstall
中間懶得守着等去吃飯了……一回來居然神奇地好了(!。!)