因為默認的python設置是3.13版本,會經常出現版本不配套問題需要用比較舊的python版本
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anconda prompt中:

創建一個純淨的 Python 3.9 環境

conda create -n bio_final python=3.9 -y

激活它

conda activate bio_final

用 Conda 裝

conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg seaborn scikit-learn pandas notebook ipykernel -y

需要用到的庫可以在裏也裝進去

pip install magic-impute scprep

讓這個版本的選項出現在jupyter notebook 裏面

python -m ipykernel install --user --name=bio_final --display-name "Python 3.9 (Final)"

實際上在第三個命令之後出現了報錯,於是改為在jupyter notebook裏面用pip安裝

1. 先卸載可能損壞的 conda 包

!pip uninstall -y scanpy anndata

2. 補充一個關鍵的版本管理工具 (很多時候報錯是因為缺這個)

!pip install setuptools-scm get_version

3. 重新安裝穩定版的 scanpy 和 anndata (跳過緩存,確保下載新的)

!pip install scanpy1.9.6 anndata0.10.3 --no-cache-dir

之後還有幾個版本不對依舊報錯,但是到這裏已經能看到勝利的曙光了

報了一個zarr的版本錯誤

!pip install "zarr<3"

以及numpy 和pandas

!pip install "numpy<2.0" "pandas<2.2" --force-reinstall

然而不出意外的話還是出了意外,雙雙雙報錯了

Gemini老師給了這個

%pip install "numpy<2.0" "pandas<2.2" scipy scikit-learn --only-binary :all: --force-reinstall

中間懶得守着等去吃飯了……一回來居然神奇地好了(!。!)